InnoviSCOP a une forte expertise dans quatre secteurs d’activités : les technologies de l'information et de la communication, la sécurité des échanges et données (cartes à puces, passeports, traçabilité des données…), les biotechnologies et les technologies environnementales (traitement de l'eau potable, dépollution des sols, décontamination de l'air...).
Les missions NTIC d'InnoviSCOP portent sur le traitement automatique du langage, l'analyse informatisée des mails, l'édition numérique, le développement de services SaaS pour différentes filières (comme l'hôtellerie ou l'éducation), les mathématiques financières, la sécurisation des bases de données ou le développement de systèmes experts pour l'audit de sécurité des systèmes d'information (automatisation des tests d’intrusion, par exemple).
En biotechnologies, l'expertise d’InnoviSCOP couvre le développement de nouvelles approches thérapeutiques (entre autres pour le traitement de maladies rares), la bioinformatique, la cosmétique et les biotechnologies vertes.