Les Jeunes Entreprises Innovantes bénéficient de plusieurs avantages, notamment sur le plan financier : l'exonération complète puis partielle de l'impôt sur les sociétés (IS), une réduction des cotisations patronales, le remboursement immédiat des excédents de Crédit d'Impôt Recherche, etc. Cet article détaille ces avantages.
Sur le plan fiscal, les entreprises qualifiées de « jeune(s) entreprise(s) innovante(s) réalisant des projets de recherche et de développement » (au sens de l'article 44 sexies-0 A du Code Général des Impôts) sont totalement exonérées d'impôt sur les sociétés (ou d'impôt sur le revenu) sur leurs trois premiers exercices bénéficiaires (dans la limite de 36 mois). En outre, l'impôt sur les sociétés (ou l'impôt sur le revenu) dû par ces entreprises sur leurs deux exercices bénéficiaires suivants est diminué de moitié. Autrement dit, les JEI sont exonérées d'impôt à 100% sur trois exercices bénéficiaires, puis à 50% sur les deux exercices bénéficiaires suivants (cf. article 44 sexies A du Code Général des Impôts).
Par ailleurs, les Jeunes Entreprises Innovantes ont droit au remboursement immédiat de leurs Crédits d'Impôt Recherche ou de leurs excédents de Crédit d'Impôt Recherche (cf. article 199 ter B).
Ces entreprises sont également exonérées de l'Imposition forfaitaire annuelle (IFA), et ce tant qu'elles remplissent les conditions leur permettant d'être qualifiées de JEI (cf. article 223 nonies A du Code Général des Impôts).
Concernant l'URSSAF, les JEI sont exonérées des cotisations patronales d’assurances sociales et d’allocations familiales dues au titre des rémunérations versées aux personnes impliquées dans leur effort de recherche et développement. Ces personnes sont les chercheurs, les techniciens, les gestionnaires de projets de recherche, mais aussi les juristes chargés de la protection industrielle et des accords de transfert technologique, le personnel chargé des tests pré-concurrentiels, ainsi que les mandataires sociaux participant, à titre principal, au(x) projet(s) de R&D de l’entreprise. Ainsi, les Jeunes Entreprises Innovantes ne paient pas ou peu de charges sociales patronales sur tout ou partie de leur personnel.
Localement, les Jeunes Entreprises Innovantes peuvent être exonérées de la taxe professionnelle (maintenant en voie de disparition) et de la taxe foncière sur les propriétés bâties. Ces exonérations de taxes résultent de choix (locaux) propres aux collectivités territoriales ou aux établissements publics de coopération intercommunale dotés d’une fiscalité propre (départements, communes et communautés de communes, par exemple). Par conséquent, certaines JEI n'y ont pas droit.
Enfin, les plus-values provenant de la cession de parts ou d'actions de JEI sont exonérées d'impôt sur le revenu sous certaines réserves.