Les Jeunes Entreprises Innovantes bénéficient de plusieurs avantages, notamment sur le plan financier : l'exonération complète puis partielle de l'impôt sur les sociétés (IS), une réduction des cotisations patronales, le remboursement immédiat des excédents de Crédit d'Impôt Recherche, etc. Cet article détaille ces avantages.
Sur le plan fiscal, les entreprises qualifiées de « jeune(s) entreprise(s) innovante(s) réalisant des projets de recherche et de développement » (au sens de l'article 44 sexies-0 A du Code Général des Impôts) sont totalement exonérées d'impôt sur les sociétés (ou d'impôt sur le revenu) sur leurs trois premiers exercices bénéficiaires (dans la limite de 36 mois). En outre, l'impôt sur les sociétés (ou l'impôt sur le revenu) dû par ces entreprises sur leurs deux exercices bénéficiaires suivants est diminué de moitié. Autrement dit, les JEI sont exonérées d'impôt à 100% sur trois exercices bénéficiaires, puis à 50% sur les deux exercices bénéficiaires suivants (cf. article 44 sexies A du Code Général des Impôts).