Des analyses du système français de recherche et d’innovation ont démontré qu’il était nécessaire de clarifier le rôle de ses acteurs et de renforcer leur autonomie afin d’accroître la performance, la visibilité, le rayonnement international et la valorisation de la recherche française (voir à ce sujet la Stratégie Nationale de Recherche et d’Innovation (SNRI)).
La création des alliances de recherche en 2009 s’inscrit dans cette dynamique. Elle devrait favoriser la communication, la coordination et les collaborations entre les laboratoires de recherche publics qui travaillent sur les mêmes thématiques, l’objectif étant de rendre cohérentes les stratégies de recherche des différents acteurs, ainsi que de permettre aux disciplines concernées d’acquérir une certaine visibilité et d’exercer une influence sur le développement de l’enseignement supérieur et de la recherche en France.